東京医科歯科大学医学部附属病院では「明日の医療を担う専門医の基礎を固める」ことを目標としており、その特色は「進化するプログラムと安全・安心な研修環境」です。具体的には以下のことがあげられます。
　強化されたAcute Careのトレーニングプログラム：初期及び後期研修では、現場での救急対応能力の強化が重要です。平成18年7月に6人の救急指導医を採用しERを開設しました。年間救急車搬送数は約7000件にのぼり、国立大学病院最多、都内屈指です。1次から3次救急まで、多彩な症例が経験できます。
　“Teaching is learning"が出来る環境：研修医にはクリニカルクラークシップの学生がつきます。病棟業務を一緒に行い、学生にカルテの書き方や診察の仕方などを教えること（Teaching）が、自分の知識を定着させ学ぶこと（Learning）につながります。
　病棟研修に専念できる環境：①カルテ整理、伝票整理、紹介状の宛名書きといった事務作業を担当する病棟クラークを配置し、②薬剤、検体搬送業務の削減を目指した自走台車、集配業務体制を拡大し、③研修1年目は救急ブロック以外の当直を廃止し、④点滴、採血も大半を看護業務に移行し、研修に集中できる環境を整備しました。
　充実した臨床教育プログラム：実践的な臨床の知識を学ぶために、イブニングセミナーを開講しています。研修必修項目や安全管理など、初期臨床研修に相応しい内容で、食事・ドリンク持ち込み可として、気楽な雰囲気で行っております。毎回100人以上の参加者があり講義室も立ち見が出るほどです。また、スキルスラボを活用したICLS 講習会、中心静脈カテーテル挿入講習会などのプログラムも充実しています。
　患者ばかりでなく研修医を守る安全管理体制の構築：個々人のミスが医療事故に直結しないフェイルセーフのシステム作りを実行しています。安全管理講習会も開催して、安全管理の意識づけを強化しています。
　将来のロールモデルとの出会い：当院には医師が300名以上おり、研修先の地域中核病院、診療所もすべて第一線で活躍する多数の医師に支えられています。将来の目標となる医師に出会える可能性が高いのではないでしょうか。

ICLS 講習会

イブニングセミナー

後期研修プログラム（専門医養成プログラム）

　東京医科歯科大学後期研修プログラムでは、国立大学病院中最短の平均在院日数を誇る付属病院と多様な地域中核病院、難治疾患研究所などの付属施設を含む大学院が連携して、臨床技能だけにとどまらないリサーチマインドを持った専門医の養成を目指しています。
　基本的には専門診療科に所属しますが、内科ローテート研修コースも用意しています。大学付属病院では最短1ヶ月間のER センターローテートを実施、診療科にかかわらず高度救命救急医療を初期研修から継続して学ぶことが出来ます。

　プログラムは専門医大学院コースと専門医コースの2つが用意され、秋田大学、島根大学との連携プログラムにも参加が可能です。
・専門医大学院コース：3、4年目に専門診療科の臨床現場を体験したのち、見いだした課題を社会人大学院あるいは一般大学院に所属して研究し、学位と専門医資格の同時取得を目指すコースです（社会人大学院とは病院に勤務し給与を得ながら研究を行うコースで、一般大学院と相互移行できます）。
・専門医コース：医学部付属病院で高度先進医療に携わり、地域中核病院で豊富な症例を経験して、専門医資格の取得をゴールとします。